Однако всем этим планам не суждено было сбыться – в мае 1938 года в Чехословакии началась мобилизация. Ей предшествовало резкое обострение ситуации в Судетах, приграничном с Германией районе Чехии, где проживало немецкое население. Ещё в 1933 году, сразу после прихода Гитлера к власти, в Судетской области был образован так называемый «Отечественный фронт» – нацистская организация судетских немцев. Возглавил его некий Конрад Генляйн. «Фронт» ставил своей задачей отторжение Судетской области от Чехословакии и присоединение её к Германии, в том числе и силой. Для этой цели был сформирован «Корпус освобождения» (Frei Korps), насчитывавший около 15 тысяч боевиков. 24 апреля 1938 года Генляйн провозгласил программу создания независимого Судетского нацистского государства. 21 мая того же года произошёл инцидент в г. Хэб: во время нападения на полицейский участок погибли два судетских немца. Этим воспользовалось ведомство Геббельса, чтобы развязать в германской прессе античешскую кампанию. К границе с Чехословакией стали подтягиваться немецкие войска. В этих условиях правительство республики объявило мобилизацию. Группировку чехословацких войск в Судетской области значительно усилили. Специально для действий в этом районе сформировали 41-ю оперативную группу. Для их поддержки привлекались три взвода танкеток, шесть взводов лёгких танков, восемь взводов бронеавтомобилей и четыре взвода мотоциклистов. К концу августа сформировали ещё 29 групп, каждую из которых усилили одним бронеавтомобилем.

После факельного шествия ночью 12 сентября 1938 года судетские боевики начали нападать на полицейские участки и места дислокации частей чехословацкой армии, но получили решительный отпор. Достаточно сказать, что за период с 12 сентября по 4 октября «Корпус освобождения» организовал 69 нападений на воинские части чехословацкой армии. Для противостояния сепаратистам использовались крупные силы, в том числе и мобильные дивизии. По состоянию на 23 сентября 1938 года в 1-й и 2-й мобильных дивизиях насчитывалось по 40 танков, в 3-й – 16 и в 4-й – 76. Всего же к этому времени были отмобилизованы 16 рот лёгких танков LT vz.35.
Эти боевые машины принимали участие в боевых столкновениях с боевиками в Хэбе, Стришбро, Марианске-Лазне и других населённых пунктах Судетской области. Тяжёлые бои шли в Краслице и Варнсдорфе. Танки активно применялись в операциях против немецких сепаратистов в Южной Богемии, особенно в уличных боях в Чешске Крумлове 2 октября. Они поддерживали пушечно-пулемётным огнём пехоту и полицейских, разрушали баррикады, сооружённые боевиками. Впрочем, победа, одержанная регулярной армией в Крумлове, уже не имела принципиального значения – 30 сентября в Мюнхене было подписано соглашение, по которому Судетская область отходила Германии. Прецедент был создан, и Венгрия, в свою очередь, потребовала передачи ей тех районов Чехословакии, где компактно проживало венгерское население. Переговоры, проходившие в октябре 1938-го в городке Комарно, никаких результатов не дали. Начались столкновения с венгерскими частями. Так, 5 октября границу перешёл целый батальон венгерской пехоты. К этому моменту 3-я мобильная дивизия, дислоцировавшаяся в Словакии, была усилена батальоном лёгких танков из 2-й мобильной дивизии и противотанковыми подразделениями. Во второй половине октября дивизии передали ещё один танковый батальон, доведя таким образом число танковых рот в этом соединении до семи..

Танки LT vz.35 3-й мобильной дивизии участвовали в отражении венгерской атаки в районе городка Фелединек, обратив в бегство батальон гонведов (название военнослужащих венгерской армии – Гонведшега). После присоединения Южной Словакии к Венгрии в декабре 1938 года танковые батальоны, как и другие подразделения, вернулись в свои гарнизоны.

Примерно в тот же период начались беспорядки в Подкарпатской Руси (позже этот район отошёл Советскому Союзу и стал Закарпатской областью УССР). На эту территорию также претендовала Венгрия, и там имелось немало боевиков венгерской террористической организации. И с ними пришлось воевать частям чехословацкой армии, в том числе с участием танкеток и танков LT vz.35. Особенно тяжёлые бои проходили в районе городов Мукачево и Ужгорода в октябре 1938 года.

Кроме венгерских, в Подкарпатской Руси действовали польские и украинские националистические организации. К числу последних относилась «Карпатска Сiч», выступавшая за отделение этой области от Чехословакии. С её боевиками чехословацкие войска сражались, например, 14 марта 1939 года на улицах города Хуст. В этой и других стычках как с сичевиками, так и с поддерживающими их венгерскими войсками, а также с подразделениями польской армии, атаковавшими чехословацкую границу с севера (каждый стремился урвать кусок от «чехословацкого пирога»), принимали участие бронеавтомобили и танки, в том числе и LT vz.35.

Эта почти бесконечная череда боёв за территориальную целостность Чехословакии завершилась 14 марта 1939 года, когда Словакия объявила о своей независимости и отделении от Чехии. Днём позже на территорию последней вступили немецкие войска. Как независимое государство Чехословакия перестала существовать.